本校农业工程学科是吉林省省属院校唯一的农业工程硕士学位授权学科。始建于1985年获批的农业机械化硕士学位授权点，2001年，获批农业生物环境与能源工程硕士学位授权点，2004年获批农业工程领域工程硕士、农业机械化领域农业硕士学位授权点，2005年获批农业工程一级硕士学位授权学科，涵盖了农业工程下的农业机械化工程、农业水土工程、农业生物环境与能源工程、农业电气化与自动化工程4个二级硕士学位授权学科。2011年在农业工程一级硕士学位授权学科下获批了机械制造技术自主增高的二级硕士学位授权学科。2020年在作物学学科下增设农艺农机学与智能化技术博士二级学科。目前学院有农艺农机学与智能化技术博士二级学科、农业工程一级硕士学位授权学科含农业机械化工程、农业生物环境与能源工程、农业水土工程、农业电气化与自动化工程和机械制造技术等5个二级硕士学位授权学科，有工程硕士（农业工程领域）、农业硕士（农业工程与信息技术领域）2 个专业硕士学位授予权点。2018年农业工程学科成为吉林省优势特色学科，2019年艾瑞森中国校友会中国大学农业工程学科排名为21，进入前68%，成为3星级研究型、中国知名学科。

学科建成2个省级实验教学示范中心，3个校级实验教学示范中心，1个吉林省一流本科专业，1个省级卓越工程师培养计划试点专业， 4个校级优秀教学团队。有6个一级实验室，42个二级教学和科研实验室，实验室面积达7000余平方米，仪器设备价值2700余万元。学科现有教教师60名，实验技术人员11名，其中教授10名，副教授22名，具有博士学位的30名，博士研究生导师2名，硕士研究生导师25名，校外硕士研究生导师11名，校教学名师2名，长春市师德标兵1名，省级教学名师1名。

“十三五”以来，学科主持和参加国家863项目、自然基金项目及省部级各类科研项目40余项，获专利30余件，在国内外学术刊物上发表论文460余篇，编写教材及公开出版物40余部。形成了以农业机械化与智能装备、农业人工智能与物联网、黑土地保护利用与信息技术等为优势特色的教学科研和人才培养方向，多年来为我国农业工程事业做出了积极贡献。